Eminönü İlçesi’nde Cankurtaran ile Kadırga semtleri arasında, Marmara surlarının içinde yeralır. II. Bayezid döneminde (1481· 1512) Darüssaade Ağası Hüseyin Ağa tarafından Sergios ve Bakhos Kilisesi’nden cami ve zaviyeye dönüştürülmüştür.
Sergios ve Bakhos Kilisesi’nin I. Justinianos (hd 527-565) tarafından, tahta çıkışının hemen ardından yaptırıldığı bilinmektedir. Evvelce yakınında Hormisdas Sarayı adı verilen, Büyük Saray’ın bir pavyonu bulunuyordu. Ayrıca burada Havari Petrus ile Paulus adlarına sunulmuş bazilika tipinde bir kilise yapılmıştı. Justinianos bu bazilikanın kuzeyine bitişik şekilde Küçük Ayasofya Camii olan kiliseyi 530’a doğru inşa ettirmiştir. Müşterek bir avluya sahip bulunan bu kilisenin bitişiğinde Monofizit tarikatının da bir manastırı vardı. Söylentiye göre I. Justinianos, amcası I. İustinos (hd 518-527) aleyhine bir ayaklanmaya karıştığı için cezalandırılacakken, azizlerden Sergios ve Bakhos’un İustinos’ un rüyasına girerek lehinde tanıklık etmeleri nedeniyle kurtulmuş ve imparator olunca da şükran borcunu ödemek üzere bu azizlerin adına kiliseyi yaptırmıştır. Büyük Saray’a olan yakınlığı nedeniyle bir saray kilisesi olduğu ileri sürülür.
Kilise, cami haline getirilirken üzerinde bazı değişiklikler ve ilaveler yapılmış, avlusunun etrafına zaviye hücreleri eklenmiş ve kuzey tarafına da kurucusu Hüseyin Ağa’ nın türbesi inşa edilmiştir. Küçük Ayasofya Camii’nin, İstanbul Vakıfları Tahrir Defteri’ne göre, 913/1507 tarihli bir vakfiyesi vardır. Caminin evkafı olarak, yakınındaki çifte hamamla Ayasofya yakınındaki iki han gösterilmiştir. Çeşitli belgeler Hüseyin Ağa’nın Amasya’nın Sonisa Köyü’nde ve Edirne’de evkafı olduğunu gösterir. Hüseyin Ağa bilinmeyen bir sebepten dolayı 1510’a doğru idam edilmiştir. Hüseyin Ayvansarayi’nin Hadikatü’l Cevami adlı eserinden öğrenildiğine göre caminin önünde 36 hücreli ve avlusuna üç kapıdan girilen bir zaviye vardır ve caminin şadırvanı ile mektebi Sadrazam Ahmed Paşa tarafından 1153/1740’ta yeniden yaptırılmıştır. Bu şahsın 1740-1742 arasında 1 yıl 10 ay kadar sadrazamlıkta bulunan Nişancı Ahmed Paşa olduğu tahmin edilebilir. Yine aynı kaynakta camiye bitişik olmayan minarenin Sadrazam Mustafa Paşa tarafından yeniden yaptırıldığı, yapının eski ve kullanılmayan kapısının Şehrizade Mehmed Said Efendi tarafından yeniden açtırılarak kapı yakınında duvara bir musluk yerleştirildiği öğrenilmektedir.
Topkapı Sarayı Arşivi’ndeki belgelerden Küçük Ayasofya Camii’nin 1648 ve 1763 depremlerinde zarara uğradığı anlaşılmaktadır. Yapı 1247/1831’de tamir görmüştür. 1860’larda cami ile surlar arasından tren yolu geçirilmesi nedeniyle burada bazı topografik değişiklikler ortaya çıkmış, cami avlusu bir geçit olarak kullanılmaya başlanmış, cami ile zaviye-medrese bölümleri birbirinden ayrı kalmıştır. Önce tek hat halindeyken sonra çift hata dönüştürülen demiryolu, binaya yakınlığı nedeniyle bu tarihi esere büyük ölçüde zarar vermiştir. Küçük Ayasofya Camii zaviyesi sonradan medrese haline getirilmiştir. Hadika’da 36 hücresi bulunduğu belirtilmişken bugün sadece 24 hücre mevcuttur. Minare yakınında, hücrelerden daha büyük olan bölümün bir sıbyan mektebi olduğu bilinmektedir. Eski fotoğraflarda bu mektebin ahşaptan yapılmış bir ikinci katının bulunduğu görülmektedir. Bir yolla bölünmeden önce cami avlusunun ortasında yükselen ve mermerden sekizgen biçiminde bir havuzu ve göbeği bulunan şadırvan 1938’e kadar yerinde durmaktaydı. Bugün mevcut değildir.
Caminin güneybatı köşesinde, esas yapıdan ayrı olarak duran minare barok üslubun özelliklerine sahiptir. Bu da 1750′ lerderı sonra yapılmış olduğunu göstermektedir. Hadika’da adı geçen Mustafa Paşa’nın, 1752-1755, 1756-1757 ve 1763-1765 arasında üç kez sadrazamlık yapan Köse Mustafa Paşa olduğu tahmin edilebilir. İlk minarenin nasıl olduğunu ve yenilenmesine neden gerek duyulduğunu bilmiyoruz. Mustafa Paşa’nın 1750’lerde yaptırdığı ve bilinmeyen bir nedenle 1936’da kürsüsüne kadar yıktırılmış olan minare tamamen kesme taştan inşa ettirilmişti. Kürsü kısmı sekizgen biçimdeydi ve köşeleri sütunçeler biçiminde yontulmuş, bunların üstlerine barok profilli kemerler oturtulmuştu. Uzun bir pabuç kısmından sonra yükselen gövde bir bilezikle şerefeye bağlanıyordu. Şerefe korkuluğu düz levhalardan meydana geliyor ve levhaların aralarındaki her volütün üstünde bir sütunçe bulunuyordu. Minare kurşun kaplı klasik
bir külahla sona eriyordu. Küçük Ayasofya Camii’nin minaresi uzun süre yıkık vaziyette kalmış ve bugünkü minaresi 1955′ te yaptırılmıştır.
Caminin avlusuna üç taraftan açılan kapılarla girilmektedir. Kuzeye açılan kapının kemeri üzerindeki mermer levhaya üç satırlı kitabe işlenmiştir. Ancak bu bir inşa tarihi kitabesi olmayıp bir hadistir.
Eski kilise, cami haline getirilirken, narteksin kuzeye bakan yan duvarındaki kapı veya pencere muntazam kesme taş ile kaplanarak klasik üslupta güzel bir giriş olarak şekillendirilmiştir. Buradaki yayvan kemerli kapı açıklığı sivri kemerli bir çerçeve içine alınmıştır. İki kemer arasında kalan alınlığa ise yine bir hadis yerleştirilmiştir. Ahşap bir saçağın koruduğu bu girişin kapı kanatları 16. yy’ın başlarının ağaç işçiliğinin değerli bir örneğini oluşturmaktadır.
Kilise camiye çevrilirken binanın batı cephesinde klasik Osmanlı mimarisine uygun güzel bir son cemaat yeri revağı yaptırılmıştır. Muntazam kesme taştan inşa edilen ve sivri kemerleri altı sütuna dayanan revak, beş bölüme ayrılmıştır. Her bölümün üstü bir kubbe ile örtülmüştür.
Doğan Kuban-Dünden Bugüne İstanbul Ansiklopedisi