Abdülmecid (hd 1839- 1861) tarafından 1270/1853’te yaptırılmıştır. Giriş kapısı üzerindeki kitabede Abdülmecid’in tuğrası ile birlikte caminin bitirilişini belirten bu tarih vardır. Caminin mimarı Nigoğos Balyan’dır. Cami 1894 depreminde önemli ölçüde zarar görmüş, minarelerinin petek ve külah bölümleri yeniden yapılmıştır.
Ortaköy Camii, statik açıdan oldukça narin yapılardandır. 1862, 1866 ve 1909 onarımlarından sonra Ortaköy Deresi yatağı üzerindeki temellerinin yeterli stabiliteye sahip olmadıkları ve yapının göçmek üzere olduğu anlaşıldığından 1960’larda önemli bir onarımdan geçti. 20 m derinlikteki sağlam zeminde inşa edilen fare kazıklarla temelin takviyesine girişildi. Vakıflar Genel Müdürlüğü’nün yürüttüğü önemli bir restorasyon projesi olarak bilinen bu çalışmalarda 64 fare kazık, cami beden duvarları boyunca karşılıklı olarak kullanılarak ve 80 ton çimento şerbeti enjekte edilerek zemin takviye edildi. Duvar araları oyularak içinden demir putreller geçirildi ve nihayet askıya alınmış olan kubbe sökülerek yerine özgün kubbe formunu elde etmek üzere biri içeride diğeri dışarıda iki ince betonarme kabuk yapılarak kubbe yenilendi.
Ortaköy Camii bu büyük restorasyondan sonra 1984’te büyük bir yangın geçirdi ve yeniden onarıldı. Özetle cami, özgün parçaları büyük ölçüde bir yenilenmeyle değiştirilmiş ama Boğaziçi girişindeki eşsiz konumu ile İstanbul’un mimari mirasının yapıtaşlarından biri olmayı hala sürdüren bir yapıttır.
Dünden Bugüne İstanbul Ansiklopedisi